Certo che sì!
In genere nei PC si hanno controller IDE o S-Ata, quindi questa possibilità ti consente di usare già queste due diverse tipologie di dischi.
In genere il controller EIDE è già utilizzato per masterizzatore o CD, ma dato che sulle schede si hanno genericamente due controller nominati IDE0 ed IDE1 può montare altri due dischi. Su ogni piattina IDE puoi montare due perifieriche. Poi ci sono anche il controller S-Ata ed eventuali altri controller opzionali che puoi avere su schede PCI, ecc...
Per farla breve se tu hai i due classici controller EIDE, il disco con il sistema operativo ed un lettore CD/DVD oltre al masterizzatore hai comunque almeno un altro canale EIDE a disposizione per un ulteriore Hdd interno. Ci sono anche controller su cui puoi gestire 4 canali EIDE ma sono rarissimi.
Se invece, ipotesi attualmente più probabile, il tuo disco primario con S.O. è serial-ata hai a disposizione almeno due canali eide per due dischi interni, senza contare che puoi anche usare S-Ata (sicuramente sarebbe meglio)
Montando un disco esterno guadagni in versatilità, puoi trasportarlo ed usarlo su altre macchine ed anche in comodità ma perdi sicuramente in velocità (la porta USB 2.0 ti rallenta) ed afffidabilità (eventuali urti, ecc...)